Lembaga Pendidikan Sekolah Menengah Pertama Katolik Santo Yoseph Naikoten Kupang didirikan pada tanggal 6 januari 1966. Kala itu digagas oleh seorang tokoh awam Katolik, Bapak YOS DJOGO, B.Sc, yang keseharianya bekerja sebagai pegawai negeri sipil pada Dinas Pertanian Propinsi Nusa Tenggara Timur. Gagasan ini muncul dari sebuah wujud keprihatinan atas realitas sosial kala itu, bahwa cukup banyak peserta didik yang setelah menamatkan pendidikan di tingkat sekolah dasar, tidak dapat melanjutkan pendidikan ke jenjang selanjutnya. Ini terjadi karena jumlah lembaga pendidikan menengah pertama masih terbilang minim, daya tampung rombongan belajar yang dimilikipun sangat terbatas, dan jangkauan jarak tempuh yang cukup jauh. Maka, munculnya gagasan untuk mendirikan lembaga ini semata-mata untuk menjawabi kerinduah umat kristiani agar dapat menyekolahkan anaknya dan dididik sesuai ajaran kristiani.

 

Lembaga pendidikan yang terletak dijalan E.R.Herewila No. 27 RT 05 / RW 03 kelurahan Naikoten II kecamatan Kota Raja Kota Kupang ini, awalnya bernama SMP Katolik SAPIENTIA II (Sapientia artinya kebijaksanaan). Kegiatan KBM dilakukan pada siang hari dan dipimpin oleh Bapak Barlon Parera, asal Sikka – Flores sebagai kepala sekolah. Beliau sebenarnya sudah memiliki tugas pokok, yaitu kepala sekolah SDK Santo Belarnimus, yang kemudian berubah nama menjadi SDK Santo Yoseph I. Jumlah siswa SMP angkatan pertama 23 orang, yang berasal dari berbagai latar belakang etnis dan agama, dan hampir sebagian besar siswa tinggal menetap bersama wali murid maupun orang tuanya. Semenjak tahun pertama berdiri, lembaga ini memiliki 5 orang staf pendidik dengan status sebagai tenaga honorer, yang umumnya adalah mahasiswa asal Flores. Dua staf diantaranya adalah Bapak Drs. Piter Boli Keraf (mantan Pejabat Bupati Lembata) dan Bapak Bernad Belo Ola (mantan Kadis Sosial Kabupaten Sumba Timur dan Sikka).

 

Seiring dengan perjalanan waktu, pada tahun 1969 lembaga ini bergabung dengan Yayasan Swasti Sari Keuskupan Agung Kupang (yang selanjutnya menjadi Yayasan Swasti Sari Keuskupan Agung Kupang). Akan tetapi, pengelolaanya diserahkan kepada Dewan Pastoral Defenitif Paroki Santo Yoseph Naikoten setelah berdirinya Paroki Santo Yoseph, yang merupakan pemekaran dari Paroki Katedral Kristus Raja Kupang. Di bawah kepemimpinan Pastor Paroki, P.C. Nellisen SVD, Misionaris asal Belanda, nama SMPK SAPIENTIA II berubah menjadi SMPK Santo Yoseph, dan nama Santo Yoseph diabadikan sebagai pelindung sekolah.

 

Menjelang usia setengah abad (50 tahun), lembaga pendidikan ini telah eksis dan menorehkan prestasi yang terbilang banyaknya. Selain itu lembaga ini telah melahirkan ratusan hingga ribuan out put yang tersebar di berbagai belahan dunia dan mengabdi di berbagai bidang kehidupan. Termasuk pula ada yang telah dan sedang mendedikasikan diri sebagai pemimpin bangsa dan daerah, serta menjadi pemimpin Gereja, diantaranya mantan Menteri Lingkungan Hidup era Presiden Megawati Soekarno Putri, Bapak DR. Soni Keraf dan Bupati Manggarai, Bapak Drs. Cristian Rotok, dan masih banyak deretan nama lainnya. Mereka semua adalah putra putri yang lahir dari rahim lembaga SMP Katolik Santo Yoseph Naikotan Kupang.